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Progrès dans la découverte du mystère de la génomique de la maladie de Parkinson – Actualite-sante

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Le Consortium international de génomique des maladies de Parkinson (IPDGC) existe depuis dix ans. Dans un article publié dans le Journal of Parkinson's Disease le consortium passe en revue les progrès réalisés au cours de la dernière décennie dans la génomique de la maladie de Parkinson (PD) et des troubles connexes, y compris les maladies du corps de Lewy, la paralysie supranucléaire progressive et les systèmes multiples l'atrophie et regarde vers l'avenir sa direction future et ses priorités de recherche.

Depuis la première définition de la MP, on soupçonne qu'il y avait une composante génétique. En juin 2009, un petit groupe de chercheurs s'est réuni pour discuter d'une alliance de recherche potentielle axée sur la génétique de la MP. Le résultat a été la création de l'IPDGC, un groupe axé sur la recherche génétique collaborative, rendu possible par la confiance, le partage "et le moins de paperasse possible". Cet article résume les efforts de l'IPDGC à ce jour et les situe dans le contexte d'une décennie de progrès en génomique de la MP. Il discute également de l'orientation future de l'IPDGC et de ses priorités de recherche déclarées pour la prochaine décennie.

"L'IPDGC est né de la constatation qu'aucun enquêteur ne pouvait tenir la promesse de la génétique humaine moderne de manière isolée", a expliqué l'auteur principal Andrew Singleton, PhD, Laboratory of Neurogenetics, National Institute on Aging, National Institutes of Health, Bethesda, MD, États-Unis. "Nous avons réalisé que pour vraiment tirer parti des gains incroyables dans les technologies génétiques dans l'espace PD, à grande échelle, nécessiterait une approche hautement collaborative. Cette notion a réuni un petit groupe de généticiens PD avec l'objectif commun de construire un système efficace, transparent et collaboration fonctionnelle. "

Depuis sa création, l'IPDGC s'est considérablement développé, comptant désormais plus de 100 scientifiques du monde entier qui se réunissent au moins une fois par an. L'accent a également été élargi pour inclure l'investigation clinique et fonctionnelle de la MP à grande échelle. Plus récemment, l'IPDGC a lancé d'importants efforts de recherche en Asie de l'Est et en Afrique et a priorisé les collaborations avec les efforts majeurs en cours en Inde et en Amérique du Sud.

"L'analyse coordonnée des données d'associations à l'échelle du génome (GWA) a peut-être été le premier succès de IPDGC et a continué d'être un pilier de notre travail ", a noté le Dr Singleton. Ce travail s'est concentré sur le génotypage SNP disponible à l'échelle du génome des cohortes de cas et de contrôle des membres de l'IPDGC des États-Unis, du Canada, de l'Angleterre, du Pays de Galles, des Pays-Bas, de la France, de l'Allemagne, de l'Italie, de l'Espagne, de l'Autriche, de la Finlande, de la Norvège, de l'Estonie et de l'Australie . Ces études ont impliqué une collaboration au sein de l'IPDGC et avec des groupes de l'industrie, dont Genentech et 23andMe. La diversité et la taille des sources de ces séries d'échantillons ont considérablement augmenté, depuis les premiers efforts centrés sur environ 1500 cas et un nombre similaire de contrôles, jusqu'aux efforts les plus récents qui comprenaient un génotypage dense dans plus de 50000 cas et procurations, et environ 1,4 million de contrôles. Comme dans d'autres troubles, à mesure que la taille de l'échantillon a augmenté, la puissance et le nombre de loci ont également été détectés. Actuellement, il existe environ 90 variantes de risque connues pour la MP.

La collaboration entre les membres de l'IPDGC a approfondi les connaissances, notamment:

  • La ​​découverte que le tissu cérébral en général, et les neurones nigraux en particulier, sont essentiels dans le processus de la maladie, contrastant de façon assez frappante avec ce qui a été observé dans la maladie d'Alzheimer, dans laquelle les cellules immunitaires sont un effecteur clé du risque génétique.
  • Application de méthodes d'estimation de l'héritabilité telles que l'analyse de caractère complexe à l'échelle du génome (GCTA) et Linkage Disequilibrium Score Regression (LDSC), suggérant que
  • En utilisant les grands ensembles de données génétiques IPDGC (comprenant actuellement plus de 20 000 cas et 20 000 témoins) comme base, plusieurs analyses avancées peuvent être effectuées pour prédire la maladie, attribuer plus de "fonction" ou biologie aux loci GWAS et identifier les voies potentielles pertinentes pour la maladie.
  • Identification de nouveaux gènes ou voies associés à la MP comme V Les mutations PS13C en tant que cause de la maladie de Parkinson jeune.
  • Création de ressources, y compris le tableau de génotypage de développement et les pages de résultats consultables.
  • Fournir à la communauté des chercheurs des résumés de résultats faciles d'accès qui sont utilisables et compréhensibles pour les chercheurs de base. Le navigateur de séquençage IPDGC et le navigateur IPDGC GWAS sont actuellement en cours de développement.

Les futurs défis que le consortium a identifiés comprennent l'expansion de l'architecture génétique connue; génétique dans diverses origines; construction avancée de cohortes;

L'importance de la dissection du risque génétique dans les populations d'ascendance non européennes a conduit le consortium à investir davantage dans l'établissement de recherches dans des groupes sous-représentés. Avec le soutien de la Fondation Michael J. Fox pour la recherche sur la maladie de Parkinson, l'IPDGC a lancé des efforts à grande échelle en Asie du Sud-Est, en Chine et dans toute l'Afrique. Il travaille également en étroite collaboration avec des collections centrées sur l'Inde, LUX-GIANT et LARGE-PD.

"Le domaine de la génétique PD est un domaine qui a radicalement changé au cours des dix dernières années", a commenté le Dr Singleton. "Il y a eu une croissance exponentielle de notre appréciation de l'architecture génétique de la maladie et une meilleure compréhension de la façon de procéder à la poursuite génétique de la MP.

" Notre future voie promet d'élargir ce travail et de tirer parti de son clinique, mécaniste, potentiel biologique. Ainsi, alors que nous pensons que le travail de l'IPDGC a eu un impact significatif et durable sur notre domaine au cours des dix dernières années, nous sommes encore plus excités par le cap que nous avons tracé pour la prochaine décennie. "

Source de l'histoire: [19659018] Matériaux fournis par IOS Press . Remarque: Le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.

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